检测机构：艾斯博检测中心
更新时间：2022-06-15
内容简介： 产品介绍染色质免疫共沉淀技术（ChromatinImmunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是...
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产品介绍
染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA 相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP 与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq 技术，能够高效地检测全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。
ChIP-Seq 的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA 片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA 区段信息。
推荐平台
Ilumina HiSeq2000、 Ion Proton
生物信息分析
1. 原始数据整理、过滤及质量评估
2. ChIP-Seq序列与参考基因组序列的比对
3. Peak Calling（统计每个样品的Peak片段信息）
4. Peak Annotation（根据已有的基因组数据库注释信息获得所有Peak位点信息）
5. Motif预测、基因集分析
6. 全基因组范围的峰值分布
7. 样品间差异Peak分析
8. 基因组水平和感兴趣区域的数据可视化
技术路线
样本要求
只接收ChIP后DNA样本，只需进行建库，要求：DNA总量20ng，浓度0.5ng/ul以上。
分析内容及结果
Peak Calling
Peak 的长度与蛋白质结合区域大小紧密相关，是非常重要的信息。Peak 在外显子、内含子、5’ UTR、3’ UTR、基因间区等区域上的分布情况如下：
Peak在功能元件上的分布
Peak相关基因GO注释
将 GO 注释结果对应到 GOTerm 上，并统计第二级分类上注释到目标基因的数目
GO注释图
差异Peak相关基因KEGG富集分析
统计各个KEGG Pathway 不同层级上包含的差异表达基因数目，进而确定差异表达基因主要参与的代谢途径和信号通路。
KEGG富集分析
Motif分析
Motif是一些有特征的短序列，在基因组上常常反复出现，经常是一些具有序列特异性的蛋白的结合位点（如转录因子），或者是涉及到一些重要的生物过程（如转录起始，转录终止， RNA 剪切等等）。
motif示意图
